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A eleição de D. João, Mestre de Avis, como rei de Portugal nas Cortes de Coimbra de 1385 deu origem à segunda dinastia portuguesa. Recorde-se, contudo, que este soberano era irmão do anterior, D. Fernando, último da primeira dinastia. Não houve, assim, qualquer alteração no sangue reinante, verificando-se a continuidade, por varonia e até aos nossos dias, na descendência de D. Afonso Henriques.
Com esta dinastia regista-se uma política matrimonial que se desenvolve em três vertentes: 1ª Casamentos dentro da própria família real (exemplos: D. Afonso V com sua própria co-irmã D. Isabel, D. João II com sua prima co-irmã D. Leonor, e o infante D. Fernando, irmão de D. Afonso V, com sua prima co-irmã D. Isabel); 2ª Casamentos dentro do círculo de relações próximas da família real como seja o da Casa de Bragança (exemplos: infante D. Duarte com sua prima D. Isabel de Bragança, D. Catarina com seu primo co-irmão D. João, duque de Bragança); 3ª Casamentos de infantas portuguesas além-Pirenéus, na Flandres, na Alemanha e na Sabóia, mantendo-se, como na dinastia anterior, as ligações matrimoniais com Aragão, com Castela e, depois, com os Habsburgo, reinantes em Espanha.
Foi essa política de casamentos que levou à asfixia da casa real portuguesa encaminhando-a para uma muito intensa consanguinidade, que culminou em D. Sebastião, que contrariamente ao que sucede comummente apresenta não oito mas quatro bisavós (rei D. Manuel I de Portugal e sua mulher a rainha D. Maria de Castela e Filipe I, o Formoso, e sua mulher a rainha Joana, a Louca, de Castela).
A consequência desta política matrimonial resultou na subida de Filipe II de Espanha (Filipe I de Portugal) ao trono português, iniciando-se a monarquia dual que durou 60 anos (1580-1640) e em que a política de Madrid se foi desenvolvendo por forma a transformar Portugal em mais uma das coroas jungidas à Coroa espanhola dos Habsburgo.
A 1 de dezembro de 1640, conjurados representantes da nobreza portuguesa levaram a efeito um golpe palaciano que elevou ao trono o chefe de casa ducal de Bragança, restabelecendo numa linha varonil descendentes de D. Afonso Henriques a realeza portuguesa.